스테고사우루스3

후에 골판의 미세구조에 대해 더 정밀한 조직학적 조사가 이루어졌고, 골판에 혈관이 많았던 이유는 골판의 빠른 성장을 위해 영양소를 전달해야 했기 때문이라는 견해가 제기되었다. 이 견해가 옳다면 골판의 생리학적 기능, 즉 체온조절 기능이 존재했고 그것이 스테고사우루스에게 유용한 것이었다 하더라도 그것은 아마 종내 인식이나 과시라는 주된 목적에 딸려온 부수적인 효과였을 것이라고 해석할 수 있다.
1986년에 부프레닐과 동료들이 출판한 "스테고사우루스 골판의 성장과 기능"은[37] 다수의 스테고사우루스의 골판 표본을 현미경으로 분석하여 논쟁의 여지 없이 "뼈의 표면에 많은 수의 혈관이 있었다"는 것을 증명하면서 스테고사우루스 골판에 대한 논쟁을 추측에서 영역에서 과학의 영역으로 옮겨놓았다.[43] 부프레닐과 동료들은 골판의 표면에 다수의 혈관이 있었다는 사실을 골판에 체온조절 기능이 있었다는 강력한 증거로 보았다. 
골판을 "붉히는 능력"이 체온조절 기능 대신 골판의 주 기능이었을 수 있긴 하지만[45] 이 두 가지 기능이 공존했을 가능성도 분명히 있다. 스테고사우루스가 골판을 "붉힐" 수 있다는 것이 20 세기 후반부터 골판의 기능에 대한 주된 해석이 되어 왔으며 자신을 공격하는 알로사우루스에게 위협을 가하는 장면이 묘사되기도 했다. 또 골판을 붉히는 것이 짝짓기를 할 때 상대방에게 매력적인 것으로 보였을 수도 있다 스테고사우루스의 골판에 혈관이 많았던 것에 대해 가장 최근에 제시된 설명은 위협을 받았을 때 골판에 재빨리 피를 보내 붉게 만들어 화려한 색깔로 상대방에게 경고를 보내는, 과시를 통한 위협의 용도였으리라는 것이다. 2005년에 발표된 연구에서는 종간 인식에 이용되었을 수 있다는 아이디어를 지지하고 있다. 해당 연구자들은 여러 공룡 종들에서 발견되는 해부학적으로 독특한 특징들 역시 이런 기능을 가지고 있었을 수 있다고 생각한다.[44]

전시된 스테고사우루스 꼬리의 골침.
스테고사우루스의 꼬리에 있는 가시가 1914년에 길모어가 주장했던 것처럼 과시만을 위한 것이었는지,[25] 아니면 무기로도 사용되었는지에 대해서는 논쟁이 있어 왔다. 로버트 바커는 스테고사우루스의 꼬리의 힘줄이 골화되지 않아 다른 공룡들의 꼬리에 비해 훨씬 유연했을 것이라고 보고 꼬리가 무기로 사용되었을 가능성이 높다고 생각했다. 하지만 카펜터가 지적한 것처럼 골판들이 꼬리 부위의 척추뼈와 많이 겹치기 때문에 움직임은 제한적이었을 것이다.[7] 바커는 또 스테고사우루스가 커다란 뒷다리를 움직이지 않게 두고, 짧지만 매우 강력한 근육을 가진 앞다리로 몸을 밀어내 엉덩이 뒤쪽을 쉽게 움직일 수 있어서 포식자의 공격에 민첩하게 대응할 수 있을 것이라고 보았다.[27] 더 최근에 맥휘니와 동료들의 꼬리 가시에 대한 연구에서는[47] 외상에 관련된 상처가 있는 경우가 많은 것으로 보아 꼬리 가시가 실제로 싸움에 사용되었을 가능성이 높은 것으로 나타났다. 이 연구에서 조사된 스테고사우루스의 표본들 중 9.8% 가 꼬리 가시 부분에 부상을 입은 상태였다. 이 생각에 대해 신빙성을 더해준 것은 한 알로사우루스의 꼬리뼈에 스테고사우루스의 꼬리 가시와 완벽하게 맞아 떨어지는 구멍이 나있다는 점이었다

스테고사우루스 스테놉스는 네 개의 가시를 가지고 있었으며 각각은 60-90 센티미터 정도 길이였다. 완전한 상태로 발견된 스테고사우루스류의 갑옷을 보면 최소한 어떤 종들에서는 이 가시들이 종종 묘사되듯이 수직으로 나있는 것이 아니라 수평으로 튀어나와 있다는 것을 알 수 있다. 마쉬는 처음에 S. 아르마투스의 꼬리에 S. 스테놉스와 달리 여덟 개의 가시가 있다고 기재했다. 하지만 최근의 연구에 의하면 S. 아르마투스의 꼬리에도 네 개의 가시가 있는 것으로 밝혀졌다.
 스테놉스의 뇌가 있던 공간이 붉은 색으로 표시되어 있다.
스테고사우루스가 기재되고 얼마 되지 않아 마쉬는 척추의 엉덩이 부분에 빈 공간이 크게 있는 것을 발견했다. 이 공간은 작기로 유명한 스테고사우루스의 뇌보다 20 배나 컸다. 이 발견으로 인해 스테고사우루스와 같은 공룡은 꼬리 쪽에 "두번째 뇌"를 가지고 있어 몸 뒤쪽의 반응을 조절하는 역할을 했을 수도 있다는 아이디어가 생겨났다. 또 이런 "뇌"가 스테고사우루스가 포식자로부터 공격받았을 때 순간적으로 빠른 반응을 하는 데 도움을 주었을 수도 있다는 주장도 있었다.더 최근에는 이 공간이 (용각류에서도 발견된다) 글리코겐체(glycogen body)였을 수 있다는 주장이 제기되었다. 글리코겐체는 현생 조류에 존재하는 구조인데, 기능이 정확히 알려져 있지는 않지만 신경계에 글리코겐 공급을 도와주는 역할일 것이라고 추측하고 있다.

스테고사우루스와 그 근연종들은 초식성이었다. 하지만 이들의 이빨과 턱은 다른 초식성 조반류 공룡들과는 매우 달라서 이들의 섭식전략이 아직 잘 알려지지는 않았지만 다른 공룡들과는 달랐으리라는 짐작을 하게 한다. 다른 조반류 공룡들은 식물성 먹이를 저작할(grinding) 수 있는 형태의 이빨과 턱을 위아래 뿐만 아니라 수평으로도 움직일 수 있는 구조를 가지고 있다. 다른 조반류 공룡들에서 쉽게 볼 수 있는 단단한 턱과 저작이 가능한 이빨과 달리 스테고사우루스를 포함한 검룡류는 작고 뭉툭한 이빨을 가지고 있었으며 이 이빨들의 마모상태를 보면 주로 이빨과 음식의 접촉에 의해 마모가 일어난 것으로 보이며[턱도 특이한 구조로 아마 위아래로 움직이는 것만 가능했을 것이다. 이들의 이빨은 " 효과적인 저작운동을 할 수 있는, 딱 들어맞는 형태가 아니며," 일부 공룡들, 그리고 일부 오늘날의 새들이 삼켜서 배 속에 가지고 있는 돌들 — 이 있었다는 증거는 발견되지 않았으므로 스테고사우루스가 몸집을 유지하기 위해 먹어야 했을 식물성 먹이들을 어떻게 먹고 어떻게 소화시켰는지는 "제대로 이해하지 못하고 있다."

검룡류는 쥐라기 후기에 지리적으로 널리 분포하고 있었다. 고생물학자들은 이들이 이끼 양치류, 속새류, 소철, 그리고 침엽수나 열매들을 먹었을 것이라고 생각한다.오늘날의 초식성 포유류들에서 볼 수 있는 것처럼 풀을 뜯어 먹는 것은 스테고사우루스에게는 불가능했는데, 풀이 스테고사우루스가 멸종하고도 한참 후인 백악기는 되어야 처음 나타나기 때문이다.
스테고사우루스의 섭식 행동 전략에 대한 한 가지 가설은 이들이 낮게 자라는 다양한 겉씨식물의 열매 및 잎 등을 먹었으리라는 것이다. 이 시나리오에서는 스테고사우루스가 땅에서부터 최고 1 미터 높이에 있는 식물을 먹었으리라고 본다.[53] 다른 가설로는, 만일 바커가 제안한 것처럼 스테고사우루스가 두 다리로 일어설 수 있었다면 상당히 높은 곳, 성체의 경우에는 약 6 미터 높이에 있는 열매와 잎들까지 먹을 수 있었을 것이다.[8]
스테고사우루스 섭식 행동의 생체역학에 대한 자세한 컴퓨터 분석이 서로 다른 두 가지의 스테고사우루스 이빨 3 차원 모델들과 사실적인 물리적 특성을 이용하여 2010년에 수행되었다. 이 모델에 더해 알려진 두개골의 비율, 그리고 다양한 크기와 단단함을 지닌 나무 가지를 시뮬레이트하여 무는 힘도 계산하였다. 계산을 통해 얻어진 스테고사우루스의 무는 힘은 140.1 N (뉴튼), 183.7 N, 그리고 275 N 으로, 래브라도 리트리버의 절반도 안 되는 세기였다. 이것으로 보아 스테고사우루스는 잎이 달린 작은 가지는 쉽게 물어뜯을 수 있었지만 지름 12 mm 이상이 되는 것은 그게 뭐든지 씹어먹기 힘들었을 것이다. 따라서 스테고사우루스는 주로 작은 가지와 잎들을 먹었을 것이며 이 연구에서 예상한 것보다 훨씬 효율적으로 무는 능력을 갖추고 있지 않았다면 큰 나무가지를 먹지는 못했을 것이다.[54]
모리슨층은 뚜렷한 건기와 우기가 있고 평평한 범람원이 있는 반건조기후로 해석되어 왔다. 식생은 강 주변을 따라 침엽수, 나무 양치류 및 양치류로 이루어진 띠 모양의 숲 (대상림 帶狀林 gallery forest)에서부터 아라우카리아 비슷한 침엽수 브라키필룸 등의 나무가 드문드문 있는 양치류 초원까지 다양했을 것이다. 화석을 통해 이 기간동안의 식물상을 보면 녹조류, 균류, 이끼, 속새, 양치류, 소철, 은행, 그리고 여러 과의 침엽수 등이 알려져 있다. 발견된 동물화석에는 이매패류, 달팽이, 조기어류, 개구리, 도롱뇽, 거북, 옛도마뱀류, 도마뱀, 육상 및 수생 악어형류, 익룡 여러 종, 다수의 공룡, 그리고 도코돈트, 다구치류, 시메트로돈트 및 트리코노돈트와 같은 초기 포유류들이 있다.
스테고사우루스와 함께 살았던 공룡에는 수각류인 알로사우루스, 사우로파가낙스, 토르보사우루스, 케라토사우루스, 마르쇼사우루스, 스토케소사우루스, 그리고 오르니톨레스테스 등이 포함된다. 용각류가 이 지역의 지배적인 종류였으며 여기에는 브라키오사우루스, 아파토사우루스, 디플로도쿠스, 카마라사우루스, 그리고 바로사우루스 등이 포함된다. 기타 조반류 공룡에는 캄프토사우루스, 가르고일레오사우루스, 드리오사우루스, 그리고 오트니엘리아 등이 있다.[56] 스테고사우루스는 알로사우루스, 아파토사우루스, 카마라사우루스, 그리고 디플로도쿠스 등의 공룡과 종종 같은 장소에서 발견된다.

스테고사우루스는 가장 쉽게 알 수 있는 공룡 중 하나로,[8] 각종 영화, 만화영화, 만화, 장난감에서 묘사되고 있다. 심지어 1982년에는 콜로라도주의 주 상징 공룡(State Dinosaur)으로 선정되었다.